Раньше не было автоматического добавления в индекс Рамблера и Апорта через AddUrl. В любом случае, если будут внешние ссылки, то сайт туда попадет сам.
Более медленное добавление в Яндекс.

И то, и другое существенно для новых проектов, когда они уже старые и цитируемые, это уже не важно.

Если вы планируете зарабатывать на продаже ссылок, то с сайтов в зоне .com в рунете они ченятся чуть-чуть меньше.

Если ваш сайт станет сильно известным, и люди будут набирать его адрес в адресной строке, то очень многие набирают .ru автоматически, не думая о том, что может быть что-то еще.