Я бы для начала не мучалась и положила все в папки. Вообще, прихожу к выводу, что имеет смысл делать прогнозы роста сайта не более, чем на год - потому что независимо от прогнозов этих все равно приходится что-то переделывать.

Поэтому как станет понятно, что из какого-то раздела вырос полноценный сайт - его надо выделять и делать. А пока этого не случилось - значит, пусть будет "портал".

Поддомены хороши в тех случаях, когда форум (например) нужно поставить на другой физический сервер, со всех других точек зрения разницы нет - поддомен или папка.

Если стоит задача собирать цитируемость - то разные домены. Только зачем она вам
А на общий счетчик большого портала смотреть приятнее, чем на много маленьких