У каждого счетчитка - свой алгоритм, к тому же все они имеют обыкновение иногда не работать, не оперативно менять данные о посещаемости, а то и вовсе терять их. А уж если сравнивать с логами сервера, то вообще не понятно, где же правда.
Кто-то считает картинки, кто-то - фиксирует обращения к скрипту, кто-то - комбинирует эти данные.
Еще нужно учесть, что популярные счетчики занесены в программное обеспечение, которое блокирует рекламный трафик, или происходит блокировка по размеру кнопки 88х31.
Иногда бывает такое, что счетчики стоят не на всех страницах сайта. Например, иногда на сайт ставят несколько рамблеровских счетчиков (на разные посещаемые страницы, чтобы сайт оказался в топ100 несколько раз), или общий счетчик используется для сайта и его зеркала, или в рейтинге участвует только тематический раздел сайта.
Поэтому скорее было бы удивительно, если бы цифры на всех счетчтках были одинаковыми.